此外，在淡水养殖中，由于环境恶化等原因，草鱼等病害严重。在传统海水池塘对虾、滩涂贝类养殖中，养殖种类或类群单一问题由来已久。目前，我国海水养殖业中在不同生态类型海区的养殖种类结构不合理的现象非常普遍，如某海区适于某种生物养殖，其养殖生物量就会严重超过环境负荷，进行掠夺式养殖。局部海区长期结构单一的密集养殖，使生态系统能量和物质由于超支而贫乏，造成循环过程紊乱和生态失调，致使某些污损、赤潮和病原生物异常发生，而且由于系统中的生物种群多样性低，食物链短，能量转化率虽高，但是生态系统的稳定性差，极易引发病害的发生和流行。这是我国水产养殖的第二个隐患??病害问题。
第三是环境问题。据统计，我国每年直接入海的废水量高达８０亿吨。另外，大量富含有机质、无机氮和磷及有机农药的农业污水也随泾流进入内陆水体与近海水域，致使养殖水质恶化，严重地影响养殖种类的生存和生长。
除了外源污染物的进入外，养殖业本身对养殖水域生态环境的影响也是不容忽视的。大量新增加的养殖设施使养殖区及其毗邻水域流场发生改变，而且，由于养殖设施的屏障效应，使流速降低，影响了营养物质的输入和污物的输出，使陆源污染物得不到及时的稀释扩散，滞留在养殖水域。由于堆积了大量生产加工过程的废弃物等有机物并矿化，使海底和池底抬升，水深变浅，既降低了水域的使用功能，也成为二次污染的污染源。此外，植物性种类有机质的溶出，动物性种类养殖过程中的人工残饵及代谢产物的排放等都对水域环境造成危害。
造成以上现象的原因首先是缺乏系统的基础理论和高新技术研究。目前，我国水产养殖理论和技术已经满足不了实际生产的需要，科研滞后于生产的现象已经严重影响我国海水养殖业的发展。多年来我国科研工作者在海水养殖理论和技术方面缺乏真正的突破，这也从另一个侧面反映出国家和有关部门对海水养殖基础理论研究重视和投入的不足。
其次是缺乏整体开发利用的战略意识。不合理开发加剧人类活动对湖泊、河口和海岸带资源与环境的影响和破坏。近年来，我国滩涂埋栖性贝类资源的严重衰退，与沿岸带不合理开发破坏滩涂埋栖性贝类赖以生存繁衍的栖息地密切相关。如干旱地区利用昂贵的地表水和地下水养鱼，虽然获得了短期的经济效益，但也造成地下水趋向枯竭，导致局部地面下沉，进而导致海水倒灌，后果不堪设想。
新世纪我国水产养殖业将朝着生态养殖和工程养殖方面发展。其理论基础是运用现代生物学理论和生物与工程技术，协调养殖生物与养殖环境的关系，达到互相友好、持续高效。其总体目标是：实现养殖生物良种化、养殖技术生态工程化、养殖产品优质高值化和养殖环境洁净化，最终实现水产养殖业的可持续发展。
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